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6 choses à savoir pour une coloration optimale des gels d’acides nucléiques : les solutions GelRed et GelGreen


Six choses à savoir pour une coloration optimale des gels d’acides nucléiques : les solutions GelRed® et GelGreen®

Logo Biotium

Pour une alternative plus sûre au bromure d’éthidium (BET) pour vos gels d’ADN, les GelRed® et GelGreen® sont les seuls colorants de gel imperméables aux membranes cellulaires. Des tests approfondis démontrent que les colorants GelRed® et GelGreen® sont non toxiques, non mutagènes et non dangereux pour leur élimination. En outre, ils offrent une sensibilité plus élevée et un faible bruit de fond.

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L’utilisation la plus courante des colorants d’acide nucléique GelRed® et GelGreen® est dans les gels d’agarose pré-coulés, où les colorants sont ajoutés à l’agarose fondu pendant la préparation du gel.
Cet article aborde les points à garder à l’esprit pour tirer le meilleur parti de ces colorants plus performants à bien des égards, et résoudre d’éventuels problèmes apparus par méconnaissance de leurs spécificités.
Ainsi, en raison de leur plus grande taille conçue pour améliorer la sécurité, la migration des bandes d’ADN dans les gels pré-coulés peut parfois être affectée. Certains échantillons, tels que l’ADN coupé par des enzymes de restriction, peuvent migrer anormalement dans les gels pré-coulés avec le GelRed® ou le GelGreen®.

 

① GelRed® et GelGreen® sont des colorants plus gros que le BET, une caractéristique de conception liée à leur sécurité

C’est la raison pour laquelle l’ADN en trop grande quantité entraîne des bandes courbées (smears), et une migration d’ADN aberrante. La quantité de charge recommandée pour les échantillons de concentration connue ou de marqueurs de poids moléculaire d’ADN est de 50-200 ng / puits. Pour les échantillons de concentration inconnue, la charge de 1/2 à 1/4 de la quantité habituelle d’ADN résout habituellement les problèmes de migration.

Coloration de dilutions en série de ladder d’ADN 1 kb  (200 ng, 100 ng, 50 ng et 25 ng) en gel pré-coulé d’agarose 1% dans un tampon TBE. À gauche : Comparaison du GelRed® et du bromure d’éthidium (EtBr). À droite: Comparaison du GelGreen® et du Colorant Safe.

② GelRed® et GelGreen® sont des colorants ultra-sensibles, plus sensibles que le BET

Des quantités d’ADN faibles (0,1 ng ou moins) peuvent être détectées de manière fiable. Le chargement d’une quantité élevée d’ADN n’est pas nécessaire, et peut entraîner au contraire des problèmes de migration de l’ADN. Un chargement de plus faibles quantités d’ADN donne une meilleure séparation et des bandes plus nettes, économisant les échantillons précieux, les marqueurs d’ADN et diminuant ainsi les coûts.

 

③ GelRed® et GelGreen® donnent une coloration plus homogène et stable à travers le gel

Les  GelRed® et GelGreen®, plus lourds, ne migrent pas à travers le gel aussi vite que le BET. Ainsi ils évitent la perte de coloration, ou la faible coloration des bandes d’ADN de faible poids moléculaire observée avec le BET. Avec les GelRed® et GelGreen®, 1l n’est pas nécessaire d’ajouter un colorant supplémentaire au tampon d’électrophorèse.
Par ailleurs, la coloration par le GelRed est aussi plus homogène entre expériences du fait de sa meilleure stabilité que les colorants ‘Safe’.

 

④ L’utilisation d’un pourcentage de gel plus faible et une capacité tampon plus élevée peuvent améliorer la résolution de bande avec les GelRed® et GelGreen®

Comme les GelRed® et GelGreen® sont des colorants plus gros que le BET, l’ADN de haut poids moléculaire se sépare mieux sur des gels d’agarose à pourcentage inférieur.
Une résolution séparative insuffisante peut aussi être améliorée par un tampon plus fort et salin : Essayez le TBE si vous utilisez le TAE.

 

⑤ Stocker les solutions concentrées de GelRed® et GelGreen® à température ambiante.
Évitez de stocker des gels pré-coulés avec les GelRed® ou GelGreen® à 4°C.

Une faible fluorescence, une diminution de la performance du colorant au cours du temps ou un film de colorant restant sur le gel après la coloration sont des indications que les colorants peuvent avoir précipités, notamment à froid. Chauffer les solutions de colorant à ~ 50°C, et bien mélanger en vortexant.
Les gels précoulés contenant les GelRed® ou GelGreen® peuvent être stockés pendant une semaine ou un mois, respectivement, avant utilisation. Nous recommandons de conserver les gels à température ambiante (et non +4°C qui favorise la précipitation des colorants), dans l’obscurité et notamment s’ils ont été migré.

 

⑥ La post-coloration élimine toute possibilité d’interférence du colorant avec la migration de l’ADN

Avec des gros colorants à haute affinité pour les acides nucléiques comme les GelRed® et GelGreen® qui peuvent affecter la migration de l’ADN pendant l’électrophorèse, la post-coloration des gels est recommandée pour des séparations plus précises et résolutives . La post-coloration est également recommandée pour (i) une charge supérieure de la quantité recommandée d’ADN, (ii) une utilisation de tampons de charge contenant du SDS, qui peut contribuer aux bandes courbées (smears), ou (iii) un problème persistant de migration de bandes dans les gels pré-coulés avec les GelRed® ou GelGreen®. La post-coloration peut prendre de 5 à 30 minutes, selon la quantité d’ADN présente, et la solution peut être réutilisée.

Les références et les fiches techniques des  GelRed® et GelGreen® sont disponibles en ligne sur www.interchim.com.

Pour tout renseignement complémentaire, vous pouvez contacter notre support technique au 04 70 03 73 06 ou par email à interbiotech@interchim.com.

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Comment diversifier vos « lead » et obtenir des analogues avec les kits Hepatochem


Lead Diversification tool box

Illustration_interchim_blog0618

HepatoChem a développé plusieurs kits pour la diversification du « lead » en utilisant la fonctionnalisation C-H. Cette chimie offre de nombreuses transformations telles que l’hydroxylation, l’acetoxylation, la methoxylation et l’halogenation, entre autres. Mais cette chimie peut être parfois complexe.
Les kits HepatoChem vous offrent une solution rapide, pratique et peu coûteuse pour obtenir des analogues. Ils permettent le criblage en parallèle d’un ensemble de conditions catalytiques sélectionnées et permettant de générer une certaine diversité d’analogues avec une approche totalement orthogonale et complémentaire des méthodes synthétiques conventionnelles.

HepatoChem propose différents kits:

  • Alkoxylation and Acetoxylation kits
  • Fluorination kit
  • Biomimetic Oxidation kit
  • Sulfinate Alkylation reagent kit
  • Photocatalytic alkylation diversification kit

 

Alkoxylation et Acetoxylation Kits

Kit de Diversité : 4 fonctionnalisations différentes

L’alkoxylation C-H est une des fonctionnalisation C-H les plus décrite dans la littérature. Le kit HepatoChem est conçu pour permettre facilement le criblage des conditions réactionnelles de l’alkoxylation et l’acetoxylation. Ce kit utilise PdOAc2 comme catalyseur avec plusieurs oxydants et additifs.

Kit HCK1007-01-001 (article 9H4350)
Inclut 2 sets de réactifs ; catalyseur et oxydant sont mélangés dans le même flacon.
La solution de substrat est préparée dans le DMF (pour faciliter le criblage de solvants) puis additionnée aux quatre solvants. Cribler les quatre solvants (méthanol, éthanol, isopropanol et acide acétique) avec trois conditions réactionnelles différents (différents sels). 10mol% Pd(OAc)2, 1 equiv PhI(OAc)2.

TableauKitHCK1007-01-001_interchim_blog0618

Effet des sels sur la fonctionnalisation C-H

Kit d’optimisation : cinq sels différents

Il a été reporté que le sel peut influencer la fonctionnalisation C-H. Le kit HepatoChem est conçu pour le criblage de plusieurs sels simultanément. Ce kit contient cinq sels différents CuOAC2, Ag2CO3, K2CO3, Cs2CO3 et MgSO4.

Kit HCK1007-01-002 (article 9H4360)
Cribler un solvant avec 12 conditions réactionnelles. 10 mol% PdOAc2, 1 ou 2 équivalents de PhIOAc2 avec cinq sels différents. Préparer une solution dans le solvant ou une mixture dans le DMF si problème de solubilité.
Tableau Kit HCK1007-01-002

Fluorination Kit

La fluorination est une des fonctionnalisation C-H les plus intéressantes décrite dans la littérature. Le kit HepatoChem est conçu pour cribler les conditions réactionnelles de fluorination en utilisant PdOAc2  comme catalyseur en présence des sources de fluor les plus communes : Fluorure d’argent AgF, 1-fluoro-2,4,6-trimethyl-pyridinium triflate (TMPyF), SelectFluor®, N-fluorobenzenesulfonimide (NFSI) and Bis(tert-butylcarbonyloxy iodobenzene (PhIOPiv).

Kit HCK1008-01-001 (article APQ9X0)
Ce kit inclut 2 sets of réactifs ; catalyseur et oxydant sont mélangés dans le même flacon

12 conditions avec AgF, TMPyF, Selectfluor and NFSI

Kit HCK1008-01-001

 

Biomimetic Oxidation Kits

HepatoChem a développé une manière révolutionnaire pour cribler, optimiser et produire des métabolites directement à partir des  candidats médicaments. Le kit BMO exploite un panel optimisé de conditions réactionnelles de chimie catalytique avec des catalyseurs organo-métalliques. Cet outil imite la suite des enzymes du cytochrome P450 (CYP) présent dans les hépatocytes humains.
Les kits HepatoChem BMO permettent, en trois étapes simples, la synthèse de métabolites directement à partir du médicament parent.

Biomimetic Oxidation Kits

BMO Screening kit : HCK1001-01-001 (article 9H4040)

Réaliser le criblage primaire. Sélectionner les puits des métabolites désirés. Commander le kit d’optimisation correspondant.
Le kit complet contient tous les solvants et réactifs pour 2×25 conditions réactionnelles de screening (2 plaques incluses).

BMO Optimization kit : HCK1001-02-XXX (article 9H4050)
Utiliser le kit d’optimisation. Identifier les meilleures conditions de production. Commander le kit de production correspondant.
Le kit complet contient les solvants et réactifs pour l’optimisation des conditions réactionnelles de screening sélectionnées (1 plaque incluse).

BMO Production kits : HCK1001-03-XXX-02 (article 9H4060)
and HCK1001-03-XXX-10 (article 9H4070)

Vous pouvez augmenter en quantité et produire votre métabolite.
Le kit complet inclut tous les solvants et réactifs pour votre métabolite à une échelle de 12.5µmol ou plus.

 

Sulfinate Alkylation Reagent Kit

La réaction de sulfinate alkylation décrite par le Prof. Baran est un puissant outil de « late stage functionalization ». Le kit HepatoChem permet la production d’analogues du composé « lead » à l’échelle de plusieurs mg en utilisant six différents réactifs d’alkylation. Chaque flacon réactionnel contient 100µmol de réactif de sulfinate alkylation et un barreau aimanté pour réagir avec 50µmol de substrat. La fonctionnalisation C-H se produit majoritairement sur les hétéroarènes électro-déficients sur une ou plusieurs positions.

Kit HCK1013-01-001 (article AYHDQ0)
Le kit contient : deux flacons réactionnels de chaque réactifs (100µmol), 12 flacons réactionnels au total

Sulfinate Alkylation Reagent Kit


Tableau Sulfinate Alkylation Reagent Kit

 

Photocatalytic Alkylation Diversification Kit

Un kit photoredox est également disponible pour la fonctionnalisation C-H.

La réaction trifluoroborate alkylation (Minisci reaction) décrite par le Prof. Molander est également un important outil par la « late stage functionalization ». Le kit HepatoChem kit permet de produire en une étape huit analogues différents d’un composé « lead » en quantité de l’ordre du mg. La fonctionnalisation C-H se produit majoritairement sur les hétéroarènes électro-déficients sur une ou plusieurs positions.

Kit HCK1016-01-001 (article AYQRA0)
Ce kit contient 2 flacons réactionnels de chaque réactif BF3K (75µmol) et K2S2O8 (100µmol), 2 flacons de photocatalyseurs et 2 flacons de TFA, 16 flacons réactionnels au total

KitHCK1016-01-001_interchim_blog0618

Tableau KitHCK1016-01-001

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Découvrez le puriVap-6™, notre évaporateur simple et smart !


La solution pour vos besoins en évaporation et concentration d’échantillons.

puriVap 6

L’évaporation est une étape essentielle de la préparation de l’échantillon avant l’analyse chromatographique et est couramment utilisée dans diverses applications (pharmaceutique, analyses environnementales, médicale, agro-alimentaire).
Le but principal est d’augmenter la concentration d’analytes (en particulier dans la gamme de ppb (μg / L) ou inférieure) et d’améliorer la limite de détection des composés d’intérêt.
De plus, l’évaporation des solvants est une étape importante dans de nombreuses synthèses chimiques : le solvant utilisé pour générer un produit intermédiaire peut ne pas être compatible avec la prochaine étape de réaction et doit être éliminé.
L’évaporation sous flux gazeux est l’une des techniques d’évaporation les plus fréquentes. Le principe repose sur une injection de gaz inerte (azote) par une aiguille placée au-dessus de l’échantillon créant un vortex uniforme. L’azote accélère l’évaporation en diminuant la pression de vapeur partielle du solvant en surface de l’échantillon. L’utilisation d’azote est préférable à l’air dont les propriétés oxydantes peuvent entrainées une dégradation des composés d’intérêt.

 

Flexibilité d’évaporation

Grâce aux différents accessoires proposés avec l’évaporateur ainsi que le contrôle individuel de chaque position, le choix des dimensions de flacons à évaporer n’est plus une contrainte. En effet, le puriVap-6™ vous permet d’évaporer différentes dimensions de flacons en simultanées.

évaporations simultanées

Des adaptateurs aluminiums placés sur chaque position permettent de travailler sur des flacons de diamètres externes de 12,13,16, 18 et 24,5mm.
La technologie de ces adaptateurs aluminiums  permet de travailler sur deux dimensions de flacons en une seule pièce. Cette solution économique permet de réduire l’investissement
d’accessoires tout en gardant une flexibilité dans le choix des dimensions de flacons utilisés.

Adaptater Tube Flacon

 

Consommation en gaz réduite

Afin de garantir une efficacité maximale sur l’évaporation des échantillons, l’évaporateur puriVap-6™ fonctionne sous flux d’azote couplé à un bloc d’aluminium chauffant jusqu’à 100°C.  L’azote est injecté sous forme de vortex en surface de l’échantillon par l’intermédiaire d’une aiguille dont le débit et la hauteur sont ajustables individuellement. Le réglage de la hauteur permet d’augmenter l’efficacité de l’évaporation mais également de réduire la consommation d’azote (maximum : 6-8 L/min pour 6 positions en simultanées).

purivap concentration purification

 

Contrôle de vos échantillons

L’évaporation d’un échantillon nécessite un contrôle régulier du niveau durant le processus.  Afin de s’affranchir de la contrainte de sortir régulièrement les tubes échantillons pour contrôler l’évolution de l’évaporation, le puriVap-6™ intègre une façade unique permettant un contrôle visuel rapide.

controle echantillons

 

Rapidité d’évaporation des échantillons

Le temps d’évaporation est lié à la composition de votre échantillon. Une présence de solvant dont la température d’ébullition est importante ou une présence d’eau entraine des difficultés à évaporer l’échantillon. Cependant, l’action du vortex d’azote en surface d’échantillon permet de réduire ce temps d’évaporation tout en restant dans une gamme de température de chauffe aux alentours de 40°C. Des évaporations de DMSO ont notamment été réalisées.

SolventBoiling point (°C)Setting temperature (°C)Evaporation time (min)
Methanol64,74021
Acetonitrile825019
Ethyl acetate77,15019
Hexane68558
Methylene chloride39,6407
Water1009050

 

Productivité

L’évaporateur de solvants puriVap-6™ permet également un gain en terme  de productivité grâce au système de fonctionnement en parallèle jusqu’à 6 échantillons en simultanés.

Par conséquent, l’évaporateur de solvants puriVap-6™ vous permettra d’obtenir des évaporations reproductibles et rapides grâce à une technologie réunissant les points essentiels pour faciliter cette étape et reste une alternative de choix face aux automates d’évaporation coûteux.

 

En savoir plus :

Retrouvez le puriVap-6™ sur notre site dédié à la Flash Chromatographie

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Colonnes puriFlash monolith


La purification de composés est toujours un compromis entre pureté souhaitée, la charge de l’échantillon et la durée de méthodes. Pour améliorer l’efficacité dans l’obtention de composés purs, les chimistes doivent trouver le meilleur équilibre entre la pureté, la durée de la méthode, et les considérations environnementales. Cet équilibre délicat est souvent nécessaire aussi bien pour des produits bruts que pour une purification finale.
De par leur structure particulière, les colonnes puriFLash® Monolith apportent des solutions pour tous les points sur lesquels cet équilibre doit être mis en œuvre.

Qu’est-ce qu’une colonne puriFlash® Monolith ?

Les colonnes Interchim PuriFlash® monolith sont des colonnes pré-packées, avec une silice pour chromatographie en phase inverse. Elles vous permettront de réaliser des purifications à très grande vitesse, avec de faibles contre-pressions générées.

Microsoft PowerPoint - BioProcess Poster v3 Final.pptx

Comment les colonnes puriFlash® monolith peuvent –elles fournir de meilleurs résultats ?

Dans les pores de ce monolithe, on distingue deux structures (Macro et micro pores), qui permettent une diffusion plus rapide et plus profonde du solvant à l’intérieur des particules. Cela conduit à des purifications plus efficaces, en particulier pour les macromolécules comme les peptides avec une pression bien moindre que pour une silice conventionnelle.

Une phase 30 µm avec des résultats équivalents à des colonnes 15 µm conventionnelles et une contre-pression bien moins élevée

Utilisées avec les débits optimums, ces colonnes remplies de phase de 30µm vous fourniront des résultats équivalents à une phase 15µm, comme le montre le comparatif ci-dessous.

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Ultra haut débit, pour une meilleure productivité

Augmentez le débit des purifications à la limite de pression de vos colonnes et réduisez considérablement le temps des purifications.
Comme ces colonnes génèrent beaucoup moins de pression, il devient alors possible d’utiliser des débits bien supérieurs au débit optimum de vos colonnes, le tout sans perdre en qualité de séparation pour une productivité hors-normes. Cette application  montre qu’il est possible d’utiliser 10x le débit optimum sans perdre en qualité de séparation. Ce produit permet donc une meilleure productivité.

ColonnespuriFlashMonolith3_interchim_blog0518

Cet avantage peut même être utilisé quand une purification exige de superposer des colonnes pour des purifications difficiles, il sera alors possible non seulement de superposer des colonnes, mais aussi de travailler à des débits bien supérieurs au débit optimum, ce qui n’est pas possible avec une silice conventionnelle.

Exemple :
Echantillons :
1- GLY-TYR 238
2- VAL-TYR-VAL 380
3- Met-Enkephalin 574
4- Angiotensin 1 000
5- Cytochrome c from bovine heart 11749

Method :
Solvant A : Eau + 0.1%TFA

Solvent B : ACN + 0.1%TFA

ColonnespuriFlashMonolith4_interchim_blog0518

Gradient : 5 à 40% d’ACN en 33 :45
Débit : 15mL/min
Pression : 4bar (monolith)
                7 bar (PF-15C18N-F0025)

Pour cette application, les deux colonnes donnent un résultat similaire. Les composés 3 et 4 sont co-élués.

 

ColonnespuriFlashMonolith5_interchim_blog0518

Gradient : 5 à 40% d’ACN en 66 :30
Débit : 15mL/min
Pression : 4 bar (monolith)
                13 bar (PF-15C18N-F0025)

En superposant deux colonnes, on arrive à séparer les composés 3 et 4 mais le temps de run est alors doublé (plus d’une heure) !

 

ColonnespuriFlashMonolith6_interchim_blog0518

Gradient : 5 à 40% d’ACN en 16 :30
Débit : 60mL/min
Pression : 17 bar (Monolith)
                Impossible avec PF-15C18N-F0025

Quand on augmente le débit, même légèrement, la colonne PF-15C18N-F0025 génère une pression trop forte, il n’est donc pas possible de réduire significativement le temps de run.
Au contraire, la colonne monolith permet ici, d’augmenter le débit à 60mL/min (4 fois le débit optimum) et fait passer le temps de purification a 16min.
On note que le gain de temps est conséquent.

Moins de toxicité

Grâce à la faible contre-pression générée, il devient possible d’utiliser des solvants plus visqueux comme l’isopropanol. On se libère alors de solvants toxiques comme l’acétonitrile et le méthanol.
En proportion 1 :1 avec de l’eau, l’application montre que la contre-pression générée reste en dessous de la pression maximale de la colonne F0025.

ColonnespuriFlashMonolith7_interchim_blog0518

 

Un produit performant avec TOUS les systèmes

Avec une contre pression générée inférieure à 2 bar, au débit optimum, il est possible d’utiliser ces colonnes, en phase inverse, sur absolument tous les systèmes de purification. Cela vous permettra d’obtenir une qualité de séparation équivalente à des purifications sur des silices conventionnelles en 15µm, voire d’augmenter le débit pour gagner en productivité.
En plus de cela, pour des purifications difficiles, il devient plus facile de superposer deux colonnes dans le but d’augmenter l’efficacité et d’obtenir des composés séparés plus facilement.

Pourquoi choisir des colonnes puriFlash® Monolith ?

Comme les différents résultats le montrent, l’utilisation de colonnes puriFlash® monolith vous aidera pour :
 – gagner jusqu’à 80% de temps sur vos purifications et décupler votre productivité.
 – utiliser des colonnes de granulométrie 30µm et obtenir des résultats au moins équivalents à des colonnes 15µm.
 – s’affranchir de solvants toxiques comme l’acétonitrile et le méthanol, et même d’utiliser des solvants générant de forte contre-pression comme l’isopropanol.
 – utiliser des colonnes de faible granulométrie sur des systèmes basse pression pour de meilleures performances.

 

En savoir plus :

Retrouvez la liste complète des colonnes ici.

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Partenariat Interchim/Agilent, 20 ans déjà…


Il y a un peu plus de 20 ans, Hewlett-Packard décide, à l’échelle mondiale, de confier la distribution de ses consommables d’analyse à des partenaires/distributeurs.

20eAnniverssaireLe profil du partenaire français recherché devait remplir des conditions drastiques :
– Être une structure solide, organisée et fiable
– Avoir la volonté d’offrir le meilleur service à ses clients
– Prouver une solide connaissance technique
   dans le domaine de l’analyse scientifique,
   en particulier en chromatographie
– Être capable, en quelques jours, d’assurer la gestion
   de milliers de produits
– Disposer d’une capacité de stockage adaptée


Le choix du directeur de Hewlett-Packard France s’est rapidement porté sur Interchim®,

déjà distributeur des colonnes Zorbax et initiateur de leur expansion sur le marché français.
En effet, depuis sa création en 1970 par Jean Boch, docteur en chimie organique (actuellement Président du Conseil de surveillance) et Colette Boch, Interchim® redouble d’exigences pour pleinement répondre à celles de ses clients.
Le défi de ce challenge a été relevé et Interchim®, grâce à la confiance que vous nous accordez, est devenu le leader français dans le domaine des sciences analytiques et chromatographiques.

Partenariat_Interchim-Agilent

Interchim® reste une société familiale à échelle humaine, actuellement dirigée par Lionel Boch, Président du Directoire), Corinne Boch-Jourdain (Directrice Générale) et Véronique Boch (Directrice Générale).
De nombreux changements sont intervenus depuis le début de ce partenariat mais, notons le plus significatif : en 2000, Hewlett-Packard se sépare de son activité “tests et mesures”  qui devient une entité autonome, Agilent Technologies.
Agilent Technologies est leader dans les domaines sciences de la vie, diagnostique et chimie appliquée et fournit aux  laboratoires du monde entier instruments, consommables et services. L’expertise unique d’Agilent Technologies lui permet de répondre au mieux et en toute confiance aux besoins de ses client.
Agilent Technologies se focalise sur six marchés, s’efforçant d’aider ses clients à réaliser leurs objectifs :
– Agro-alimentaire
– Environnement et médecine légale
– Pharmaceutique
– Diagnostique
– Chimie et énergie
– Recherche

CadeauInterchimAgilentDepuis plus de 20 ans, Interchim® s’attache à respecter les valeurs originelles du partenariat signé avec Hewlett-Packard/Agilent.

– Toute demande est immédiatement traitée
– Une équipe technique est en permanence à votre disposition
– ~20 000 produits sont disponibles sur stock pour envoi immédiat.
– Nos colis sont livrés sous 24/48 heures

Quel que soit votre besoin, toute l’équipe “analyses scientifiques” est à votre disposition.
Pour nous joindre, rien de plus facile : un numéro de téléphone 33 (0)4 7003 7309,
une adresse email interchrom@interchim.fr

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Analytica 2018


Venez nous rendre visite pour la saison 2018 d’Analytica à Munich.

Nous serons ravis de vous accueillir sur notre stand et de vous présenter en exclusivité comment nous allons révolutionner le quotidien des chimistes avec notre vision de la purification ! 🙂

Analytica 2018 - Interchim

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Coup de projecteur sur des références citant FluoProbes – Tous Les Spectres par Nature


Logo FluoProbes by interchim

Des articles publiés récemment utilisent les sondes FluoProbes® by Interchim® :

FluoProbes® 7-AADFluoProbes_7-AAD_interchim_blog0318
FluoProbes® TMRMFluoProbes_TMRM_interchim_blog0318
FluoProbes® 488 NHS-esterFluoProbes_488NHS-ester_interchim_blog0318
FluoProbes® 488 Donkey anti-Mouse IgGFluoProbes_488DonkeyAnti-MouseIgG_interchim_blog0318
FluoProbes® 647H Goat anti-Rat IgGFluoProbes_647HGoatAnti-RatIgG_interchim_blog0318

 

FluoProbes® 7-Aminoactinomycin D (7-AAD)

Pour le marquage de noyaux de cellules nécrotiques

Publication1_interchim_blog0318

Leverrier-Penna S. et al., Ibuprofen is deleterious for the development of first trimester human fetal ovary ex vivo, Human Reproduction, Volume 33, Issue 3, Pages 482–493 (2018)
+ d’info

[…]following exposure to ibuprofen, we have shown a reduction of the overall number of ovarian cells, effect coupled to a dramatic decline of cell proliferation and a significant enhancement of apoptosis, but not necrosis. This suggests that ibuprofen compromised both proliferation and viability, ultimately resulting in a loss of ovarian cells. […]

TitreFluoProbes_7-AAD_interchim_blog0318
Cliquez pour en savoir plus sur le FluoProbes® 7-AAD.
Autres sondes pour ADN/ARN dans le catalogue Interchim® Biosciences pages G. 26-G.34.

 

FluoProbes® TMRM

Pour la mesure du potentiel membranaire mitochondrial

Soueid M., et al., Delivery devices for exposure of biological cells to nanosecond pulsed electric fields, Medical & Biological Engineering & Computing, Volume 56, Issue 1, pp 85–97 (2018) + d’info

[…] They were loaded with 3 nM of TMRM (Tetramethylrhodamine Methyl Ester, FluoProbes) over 20 min, and co-labeled with 3 μM of 7-AAD […]

TitreFluoProbes_TMRM_interchim_blog0318
Cliquez pour en savoir plus sur le FluoProbes® TMRM.
Autres sondes pour la mesure du potentiel membranaire dans le catalogue Interchim® Biosciences pages G. 19-G. 22.

 

FluoProbes® 488 NHS-ester

Pour le marquage des peptides et protéines

Crosnier de Lassichere C., et al., Online Preconcentration in Capillaries by Multiple Large-Volume Sample Stacking: An Alternative to Immunoassays for Quantification of Amyloid Beta Peptides Biomarkers in Cerebrospinal Fluid, Anal. Chem., 90 (4), pp 2555–2563 (2018) + d’info

[…]containing Fluoprobe 488 NHS to obtain the desired concentration with a molar ratio of 200:1 (Fluoprobe / peptide) […]


Cliquez pour en savoir plus sur le FluoProbes® FP488 NHS-ester.
Autres sondes pour les marqueurs fluorescents dans le catalogue Interchim® Biosciences pages C. 75-C. 90.

 

FluoProbes® 488 Donkey anti-Mouse IgG

Anticorps secondaire utilisé en immunofluorescence

Maurel C. et al., Mutation in the RRM2 domain of TDP-43 in Amyotrophic Lateral Sclerosis with rapid progression associated with ubiquitin positive aggregates in cultured motor neurons, Amyotrophic Lateral Sclerosis and Frontotemporal Degeneration, Volume 19, Issue 1-2 (2018) + d’info

[…] (C) Co-localisation of GFP-TDP-43 WT and GFP-TDP-43 N259S with ubiquitin in aggregates in NCS34 cells and (D) primary motor neurons (anti Ub: PAD1, sc-8017, 1/50; secondary antibody FluoProbes 488 donkey against mouse IgG: FP-SA4110[…]


Cliquez pour en savoir plus sur le FluoProbes® FP488 Donkey anti-Mouse IgG.
Autres anticorps secondaires fluorescents dans le catalogue Interchim® Biosciences pages A. 54-A. 107.

 

FluoProbes® 647H Goat anti-Rat IgG

Anticorps secondaire utilisé en immunofluorescence

Kuo MS, et al., A novel antibody-based approach to detect the functional ERCC1-202 isoform, DNA repair, Volume 64, Pages 34-44 (2018)

+ d’info


Cliquez pour en savoir plus sur le FluoProbes® FP647H Goat anti Rat IgG.
Autres anticorps secondaires fluorescents dans le catalogue Interchim® Biosciences pages A. 54-A. 107.

Choisissez FluoProbes® par Interchim®

FluoProbes® par Interchim® propose plus de 6000 sondes cellulaires et marqueurs pour la biologie cellulaire, la protéomique et l’immunodétection, avec un excellent support technique.
Ces réactifs validés pour les techniques de fluorescence et de luminescence permettent aux chercheurs de publier des articles scientifiques de la meilleure qualité.

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Purification de peptides : Gradient linaire ou gradient par palier ?


Lors d’une purification, faire varier le pourcentage de solvant fort permet une élution plus rapide des produits, mais cela peut aussi desservir en créant une co-élution des composés si la proportion de solvant organique varie trop rapidement. On peut alors tester différents types de gradients parmi les trois modes existant en chromatographie :

  • Isocratique
  • Linaire
  • Par palier

Lequel choisir ? Lequel permettra la meilleure séparation des produits ?

Nous avons réalisé la purification de 5 différents peptides selon 2 protocoles, le premier en gradient linéaire, et le second par palier afin de déterminer lequel est le plus adapté.

Le mélange de composés est le suivant :
1 – GLY-TYR (MW 238)
2 – VAL-TYR-VAL (MW 380)
3 – Met-Enkephalin (MW 574)
4 – Angiotensin (MW ~1 000)
5 – Cytochrome C from bovine heart (MW 11 749)

 

1) Méthode : Gradient linéaire

Colonne : PT-15C18N-F0025
Solvant A : Eau + 0.1%TFA
Solvant B : ACN + 0.1%TFA
Elution

Tps%A%B
0955
45 : 006040

Débit : 15 mL/min
Quantité injectée : 150 µL (soit 1.8 mg de chaque peptide)

Le résultat est le suivant :
Résultats pour la méthode : Gradient linéaire

En mode phase inverse, les peptides (MW>3000Da) restent sur le support C18 tant qu’un certain pourcentage de solvant organique n’est pas atteint. Nous nous servirons donc du résultat de la première méthode pour définir le pourcentage de solvant pour purifier chaque composé un à un. Ainsi, nous voyons donc facilement que les produits sortent respectivement aux conditions suivantes :
90/10
84/16
80/20
75/25
65/35

Nous mettons donc en œuvre une seconde méthode par palier cette fois.

 

2) Méthode : Gradient par palier (step gradient)

Colonne : PT-15C18N-F0025
Solvant A : Eau + 0.1%TFA
Solvant B : ACN + 0.1%TFA
Elution

Tps%A%B
09010
5 : 579010
6 : 008416
14 : 578416
15 : 008020
23 : 578020
24 : 007525
30 : 577525
31 : 006535
40 : 006535

Débit : 15 mL/min
Quantité injecté : 150 µL (soit 1.8 mg de chaque peptide)

Le résultat est le suivant :

Résultats pour la méthode : Gradient par palier

Les différences sont rapidement visibles :
– temps de méthode plus court (bien qu’il soit encore possible de réduire)
– pics plus intenses.
– nous arrivons à séparer une impureté du Cytochrome C.
Par conséquent, avec un tel profil, il est même possible d’injecter plus de produit, et donc de gagner en productivité.

Etant donné que le dernier composé est élué avec une proportion assez grande de solvant organique, il ne parait pas utile de tenter une méthode isocratique qui se soldera par une co-élution de tous les composés.

Conclusion

Les deux méthodes fonctionnent. Il s’agit de trouver le bon compromis en fonction de l’objectif de l’utilisateur :
– moins de temps de recherche pour le mode linéaire
– moins de temps de run et meilleure séparation pour le mode par palier
En conclusion, dans un souci d’optimisation on peut développer la méthode en effectuant en premier lieu un léger gradient linéaire (augmenter de 1%/min) afin de trouver les proportions de solvant fort éluant les produits, puis passer en mode step en adaptant le temps de chaque étape. De cette manière, il est alors possible d’augmenter la charge de produit tout en diminuant le temps de méthode et la consommation de solvant.

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La photochimie, une contribution au développement de la chimie verte


La photochimie s’est considérablement développée ces dernières années et une multitude de réactions photochimiques sont, désormais, utilisées comme étapes-clés pour simplifier la synthèse organique et contribuer au développement de la chimie verte.
Contrairement à une activation thermique où l’énergie provient du chauffage, une activation photochimique se fait à température ambiante sous irradiation d’une onde électromagnétique. Il s’agit généralement d’un rayonnement U.V. ou même de la lumière visible, dépendamment du composé en solution.

Une réaction photochimique se résume à cette équation :  
Equation d'une réaction photochimique

 

 

Avant de procéder à une réaction photochimique, il est indispensable de connaître le spectre d’absorption électronique des substances à irradier.
Spectre d'absorption électronique

Les réactions photochimiques permettent, entre autre, la formation d’une ou plusieurs liaisons C-C, cycliques ou non, tout en évitant, dans de nombreux cas, la mise en place de groupes activants ou protecteurs et la formation de sous-produits. Elles sont le plus souvent régio et stéréospécifiques et tolèrent la présence de nombreux groupes fonctionnels.
Ces divers avantages se traduisent par une diminution du nombre d’étapes par rapport aux stratégies de l’état fondamental.

Réarrangement de diénones:
Réarrangement de diénones

Réaction de Wender:
Réaction de Wender

Pour réaliser ces réactions photochimiques,  de nombreux réacteurs commerciaux mettent en œuvre des lampes plongeantes, munies de filtres en verre ou en quartz, et permettent le passage d’un fluide de refroidissement, ainsi qu’un dégazage par barbotement de gaz inerte (azote, argon).

Réacteur photochimique à puits d'immersion

 

 

 

Réacteur photochimique à puits d’immersion
(750 ml) avec lampe à vapeur de mercure.

 

 


Tube de Schlenk

 

Tube de Schlenk contenant une suspension de cristaux oranges de Fe2(CO)9 en acide acétique après sa synthèse photochimique à partir de Fe(CO)5. La lampe de mercure est à gauche, branchée aux cordons d’alimentation blancs et refroidie par l’eau.

 

 

Ces réacteurs photochimiques discontinus présentent un certain nombre d’avantages mais ont aussi des limites.

Pour améliorer cela, les procédés en flux continu commencent à être utilisés avec succès. Ils permettent  de réduire les coûts, les temps de réactions, les dangers intrinsèques liés aux effets d’échelle, pour améliorer la sélectivité  des produits, réduire les quantités de catalyseurs nécessaires et pour suivre en temps réel le déroulement  des réactions.

Interchim® propose deux systèmes performants et innovants pour la photochimie en continu, le  PhotoSyn TM d’UniQsis et le Lab Photo Reactor TM de Corning.

PhotoSynTM  UniQsis :

PhotoSyn UniQsisLongueur d’onde lumière bleue, de 400 à  500 nm, 720  W
Système de refroidissement à eau intégral, inclus
Contrôle indépendant de la température du réacteur et des lampes
Module  compatible avec :
Le Polar BearTM Plus pour une gamme de température allant de  -40°C à  +150°C
Le Cold CoilTM + un thermorégulateur approprié pour une gamme de température allant de  -70°C à +150°C
Les réacteurs type bobine en PFA 2,5 ml, 5 ml, 14 ml, 20 ml et 52 ml
Les micro réacteurs en verre 0,27 ml, 2 ml, 2 or 3 ways
Le spectrophotomètre Flow-UVTM

 

Lab Photo ReactorTM Corning :

Lab Photo Reactor Corning1 chemin fluidique éclairé des deux côtés par 2 rangées de LED
Mélange et échange thermique optimals grâce au mélangeur statique Heart breveté
Volume interne faible : 2,5 ml
Régulateur de pression intégré
Mesure de la T° allant de -10°C à + 150°C
Système complet sans métal, prêt pour utilisation
Lampes LED réglables avec 6 longueurs d’ondes différentes
Contrôle sans fil de la sélection de la longueur d’onde et de l’intensité
Système polyvalent, approprié pour la réalisation de synthèses liquides et liquide-gaz

En conclusion, la photochimie en continu apporte de nombreux avantages. En plus de repousser les limites des techniques conventionnelles, elle permet de :

  • Réduire les déchets et les coûts.
  • Mettre en évidence certains intermédiaires.
  • Donner accès à des structures cycliques complexes et parfois même exotiques, inatteignables par les voies classiques de la chimie organique.
  • Raccourcir et simplifier les synthèses multi étapes des composés complexes.
  • Accéder à de nombreuses familles de composés.
  • Enrichir la chimie rédox des composés organiques.
  • Influencer favorablement les différentes formes de catalyse.
  • Ne pas utiliser, dans certains cas, aucun réactif chimique (acide, base, métal,…) ou un groupement activant.
  • Monter en échelle plus facilement.

En savoir plus :

 

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PhotoRedOx : Mettez votre Chimie en lumière grâce à la PhotoRedOx Box


PhotoRedOx

L’intérêt pour la photochimie a augmenté de manière exponentielle ces dernières années. De nombreuses nouvelles applications utilisant la catalyse photoredox en lumière visible ont été découvertes. Ces systèmes de catalyse permettent la formation de plusieurs types de liaisons, ceci en utilisant différents substrats qui sont de précieux nouveaux outils pour les chimistes de synthèse.
Cependant, la mise en place de la chimie PhotoRedOx nécessite l’utilisation d’une source lumineuse (lumière bleue) et l’utilisation d’appareils pour l’instant non standards dans un laboratoire de chimie organique. Beaucoup de chimistes ont fabriqué leur propre système et ont essayé de reproduire la chimie décrite dans la littérature avec plus ou moins de succès. Par conséquent, la mise en œuvre de la chimie PhotoRedOx est lente et les chimistes organiciens sont toujours hésitants à utiliser ces nouveaux produits. C’est pourquoi, la nécessité d’avoir un appareil simple et robuste pour pratiquer la catalyse photoredox en lumière visible est devenue primordiale.

PhotoRedOx Box EvoluChem

La PhotoRedOx Box EvoluChem a été conçue avec un but principal : permettre à tous les chimistes de réaliser facilement plusieurs réactions de photoredox dans un environnement reproductible. Cet appareil de photochimie procure une distribution homogène de la lumière à tous les échantillons réactionnels, permettant des réactions uniformes et reproductibles. Un ventilateur  permet la distribution homogène de la température et maintient l’enceinte proche de la température ambiante pendant la durée de la réaction. L’appareil s’adapte facilement sur les plaques agitatrices standards, permettant une agitation uniforme. Les portoirs pour échantillons sont compatibles avec des flacons allant de 0.3ml à 20ml.

Design unique

Schema PhotoRedOxLa PhotoRedOx Box utilise une géométrie unique de miroirs afin d’irradier plusieurs échantillons simultanément (système de chimie en parallèle) tout en limitant l’effet thermique de la source lumineuse. Le design qui en résulte est un appareil de photoredox efficace et compact  qui peut facilement s’adapter sur toutes les plaques agitatrices standard.

 

L’adaptateur de lampe  permet aisément de remplacer la lampe stansard Kessil bleue 34W LED par de nombreuses autres sources de lumière.

Adaptation de plusieurs formats de flacons

PhotoRedOx_Box_interchim_blog0218Les chimistes organiciens ont besoin de pouvoir utiliser différentes tailles de flacons réactionnels, ceci dépendant de l’échelle et du nombre de réactions à réaliser. La PhotoRedOx Box peut virtuellement s’adapter à tout type de flacons incluant les flacons à sertir 0.3ml (6 x 32mm), les flacons HPLC 2ml (12 x 32mm), 1DRAM (15 x 45mm), les flacons micro-ondes 2-5mL (17 x 83mm), 2DRAM (17 x 60mm) et les flacons à scintillation 20ml (28 x 61mm).

Cette caractéristique permet le scale-up rapide et cohérent depuis les réactions de screening jusqu’à une plus grande échelle, ceci grâce au pré-positionnement des échantillons afin d’éviter les incertitudes au niveau des distances de placement par rapport à la source de lumière. Avec les flacons 0.3ml, 32 réactions peuvent être réalisées en parallèle dans l’appareil de photochimie. Pour les 20ml, deux réactions peuvent être mises en place en parallèle.

Portoirs disponibles

PhotoPortoirsRedOx_Box_HCK1006-01-017_interchim_blog0218PhotoPortoirsRedOx_Box_HCK1006-01-018_interchim_blog0218PhotoPortoirsRedOx_Box_HCK1006-01-019_interchim_blog0218PhotoPortoirsRedOx_Box_HCK1006-01-020_interchim_blog0218PhotoPortoirsRedOx_Box_HCK1006-01-021_interchim_blog0218

Reproductibilité

Avec le kit de photométhylation EvoluChem, HepatoChem a démontré la reproductibilité à la fois du kit de photométhylation, et de l’appareil. Exemple : photométhylation de la Buspirone comme réaction test. 16 flacons répartis sur le portoir de flacons 0.3ml ont été utilisés pour l’essai #1. On obtient comme résultat 53% (+/-2%) de conversion. Pour un second essai avec 16 flacons réactionnels, on observe une conversion moyenne de 56% (+/-2%) pour un produit mono-méthylé.

Test rection (Methylation)

Pourcentage de produit de mono-méthylation par position des flacons réactionnels

Conditions réactionnelles :

Chaque flacon réactionnel contient Ir(dF-CF3-ppy)2(dtbpy)[PF6] (0.1 µmol), tert-butylperacetate  en solution (12.5µmol) et un barreau aimanté, il est scellé sous atmosphère inerte. A chaque flacon a été ajouté 50µl de solution de Buspirone 0.05M dans 1 :1 acide trifluoroacétique / acétonitrile  dégazé avec un courant d’azote. Le mélange réactionnel est irradié par la LED bleue 34W Kessil pendant 18h en utilisant l’appareil de photochimie.

Le Flow Reactor PhotoRedOx

PhotoFlowReactorRedOx_Box_interchim_blog0218La limitation commune au scale-up pour la chimie PhotoRedOx est due à la faible pénétration de la lumière dans le mélange réactionnel (quelques mm), ce qui empêche l’utilisation de grands flacons réactionnels. La surface irradiée est la clé pour diminuer le temps de réaction. Il est possible d’augmenter de manière significative la surface irradiée en réalisant la réaction en continu.

Ceci diminuera le temps de réaction et permettra d’être en mode continu pour le scale-up.
Pour permettre ceci, HepatoChem a développé un Flow Reactor qui peut être utilisé dans la PhotoRedOx Box. Ce Flow Reactor contient un tubing en PFA, et a un volume de 2ml. En comparant les réactions en flow et celles en batch, on observe une diminution significative du temps de réaction.

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Protocole réactionnel

Dans un flacon 4 ml équipé d’un septum en Teflon, ont été pesés NiCl2-dme (1.1mg, 5µmol, 0.05 mol%) et dtbbpy (1.3mg, 5µmol, 0.05 mol %). 1ml de méthanol dry  a été ajouté. Le flacon a été agité sur un agitateur orbitalaire jusqu’à dissolution complète. La solution a été évaporée jusqu’à être sèche à température ambiante. Puis, Ir(dF-CF3-ppy)2(dtbpy) (1.1mg, 1µmol, 0.05 mol %) et le 4-bromoacetophenone (9.95mg, 100µmol, 1 équivalent) ont été ajoutés. 1ml d’acétonitrile dry a été ajouté suivi par Et3N (21µmol, 300 µmol, 3 équiv.) et de l’aniline (4.65mg, 100µmol, 1 equiv.). La solution a été dégazée avec de l’azote via une aiguille submergée pendant 5 minutes.
Plusieurs lots de 100µl de la solution ont été injectés avec succès dans le Flow Reactor placé dans la PhotoRedOx Box EvoluChem avec la lampe bleue Kessil en utilisant un module d’injection. Les échantillons ont circulé grâce à une pompe HPLC à différents débits pour permettre des temps de résidence de 5, 10, 15, 20 et 30 min. La fin de la réaction a été suivie par LC-MS en contrôlant le ratio Bromoacetophenone / produit.

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Protocole réactionnel

Dans un flacon 4-ml équipé d’un septum en Teflon ont été pesés NiCl2-dme (1.1mg, 5µmol, 0.1 mol%) et dtbbpy (1.3mg, 5µmol, 0.1 mol %). 1ml de méthanol dry  a été ajouté. Le flacon a été agité sur un agitateur orbitalaire jusqu’à dissolution complète. La solution a été évaporée jusqu’à être sèche à température ambiante. Puis, Ir(dF-CF3-ppy)2(dtbpy) (1.1mg, 1µmol, 0.1 mol %) et le 4- bromoacetophenone (4.98mg, 50µmol, 1 équivalent) ont été ajoutés. 1ml d’acétonitrile dry a été ajouté suivi par 2,6-lutidine (17.5µmol, 150 µmol, 3 équiv.) et du benzyltrifluoroborate de potassium (9.90mg, 50µmol, 1 equiv.). La solution a été dégazée avec de l’azote via une aiguille submergée pendant 5 minutes.
Plusieurs lots de 100µl de la solution ont été injectés avec succès dans le Flow Reactor placé dans la PhotoRedOx Box EvoluChem avec la lampe bleue Kessil en utilisant un module d’injection. Les échantillons ont circulé grâce à une pompe HPLC à différents débits pour permettre un temps de résidence de 30 min. La fin de la réaction a été suivie par LC-MS en contrôlant le ratio Bromoacetophenone / produit.

 

En savoir plus :

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