Archives quotidiennes : 25 juillet 2016






L’EpicoccoStab réinvente le marquage des protéines


Nous avons le plaisir de vous présenter une méthode améliorée de marquage des protéines par fluorescence, grâce à un nouvel indicateur fluorescent synthétique, l’EpicoccoStab.
L’application disponible est le dosage de protéines en solution et la coloration des protéines en gel d’électrophorèse, mais d’autres sont aussi envisageables, comme pour des blots [2] ou dans les cellules [3]

L’Epicocconone, le composé naturel de l’EpicoccoStab

L’Epicocconone est un type fluorophore unique produit par le champignon Epicoccum nigrum. C’est un champignon très intéressant en biotechnologie en raison de son large décalage de fluorescence et l’absence de fluorescence à l’état non conjugué à des protéines [1]. Toutefois ce fluorochrome a une photostabilité et un rendement quantique faibles, ce qui limite son utilisation.

  • L’épicoccone se fixe sur les protéines (spécifique des résidus  lysine, arginine, et histidine) réversiblement :

épicoccone_fluoProbes_Interchim_Blog_0716

  • Fixation réversible sur peptide [4]

épicoccones_fluoProbes_Interchim_Blog_0716

  • Il présente alors un large décalage spectral, ce qui facilite la mesure du signal fluorescent.

epicoccone_fluoProbes_Interchim_Blog_0716

L’EpicoccoStab ajoute aux atouts de l’épicocconone des avantages décisifs 

Le kit de dosage protéique de l’EpicoccoStab utilise un analogue de l’épicocconone, modifié afin d’augmenter la photostabilité et le rendement quantique comparés au produit naturel.

  • Sensibilité de détection accrue : le dosage en solution détecte 40pg de protéines, avec une large gamme dynamique (jusqu’à +100µg/ml). Il détecte aussi les peptides, contrairement aux méthodes concurrentes.
  • Le signal fluorescent est stable plus de 5 heures. Par ailleurs, le réactif est parfaitement stable en solution.
  • Le kit EpicoccoStab utilise un protocole simple et rapide (60min).
  • Les réactifs sont sans danger et biodégradables !
  • Les protéines marquées ne sont pas modifiées ou dégradées par le colorant EpicoccoStab, et peuvent être récupérées sous leur forme native. La méthode convient ainsi en particulier pour les applications de quantification des protéines ou peptides digérés avant séquencage N-terminal.

Pour la détection de protéines en gel aussi, l’Epicoccostab abaisse la limite de détection permettant d’augmenter de 30% le nombre des protéines peu abondantes détectées. L’EpicoccoStab présente donc un bon potentiel pour découvrir de nouveaux biomarqueurs perdus dans la jungle de la protéomique.

 

En savoir plus:

  • [1] Bell PJ et al., Epicocconone, a novel fluorescent compound from the fungus epicoccum nigrum, J Am Chem Soc. 6;125(31):9304-5 (2003)
  • [2] Moritz CP et al., Epicocconone staining: a powerful loading control for Western blots, Proteomics 14(11):1444 (2014)
  • [3] Notice d’application de l’épicocconone
  • [4] Coghlan DR et al., Mechanism of reversible fluorescent staining of protein with epicocconone, Org Lett. 9;7(12):2401-4. (2005)  
  • [5] Moritz C.P. et al. Epicocconone staining: a powerful loading control for Western blots, Proteomics, Vol. 14, Issue 2-3, p. 162–8, (2014) 
  • [6] Peixoto P. et al., Design and Synthesis of Epicocconone Analogues with Improved Fluorescence Properties, J. Am. Chem. Soc., 136 (43), pp 15248–15256 (2014)