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Bonjour

J'ai récemment reçu des échantillons de gelred, et mes essais agarose ne sont pas satisfaisants, il semble y avoir quelques soucis dans la migration. Un collègue a fait plusieurs essais où il apparait que le marqueur se voit mal, et même les échantillons sont moins beaux.
Je n'ai moi-même fait qu'un seul essai agarose, qui avait l'air satisfaisant, sauf pour notre marqueur de taille qui parait effectivement migrer moins vite dans les même conditions que précédemment, car les différentes bandes sont moins bien séparées. Peut-être avez vous des conseils à me donner pour la suite des essais ?

Bonjour

Les échantillons avec une forte concentration saline peuvent poser des problèmes avec le Gelred. Typiquement les échantillons obtenus après coupure enzymatique avec les enzymes comme Hind III contiennent pas mal de sel. Dans ces conditions de salinité élevées, plusieurs fragments d'ADN peuvent se fixer sur une molécule de GelRed. Ainsi on ne retrouve plus les fragments à la taille attendue.
Pour résoudre le problème, le mieux est de faire le marquage en bac de coloration. Le rendu est meilleur et tu peux passer plus de gels dans le bac qui se conserve 3 semaines à l’abri de la lumière.
Sinon tu peux diluer l'échantillon pour réduire la concentration saline.
Par ailleurs, si le gain de temps est indispensable, il existe l'EZ-vision d'Amresco, qui est un marqueur non mutagène intégré à un tampon de charge à déposer avec l'échantillon.

En espérant t'avoir aidée,
Lise

Merci pour cette longue explication, Lise, et le temps que tu y as consacré

Sarah J