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Pour ioniser par APCI et ESI, les molécules organiques doivent contenir un groupe fonctionnel qui peut être protoné ou déprotoné (ex -NH2, CO2H, SO3H, Ph-OH),

Sources d'ions positif:
· Amines, amides, imines, alcohols et esters
· Affinité proton haute
· Les échantillons basiques pouvant accepter des protons d'ion ammonium

Sources d'ions négatif:
· Acids, composé polyhydroxy, stéroïdes
· High gas phase acidity
· [M-H]-, chloride, acetate, etc.

Note : les ions négatifs sont souvent plus stables que les ions positifs.